Одним из самых больших и спорных моментов теории является так называемый парадокс часов. Эйнштейн предположил, что если часы запустить на космическом корабле в космос, то по возвращении на Землю окажется, что на них протекло меньше времени, чем на земных часах. Но это предположение Эйнштейна опровергает основной принцип теории относительности, которая постулирует, что если человек находится на корабле, то относительно космического времени земное для космонавта замедляется. Разрешить этот парадокс с позиции эйнштейновской теории еще никому не удавалось.
«Парадокс часов иллюстрирует, что теория относительности крайне сомнительна с научной точки зрения, — говорит Хейз. — Однако всеохватный характер теории и достаточно простая объяснительная модель физических процессов сделали ее популярной. Тем не менее говорить, что теория относительности бесполезна, неверно. Главное понять, где она может быть применена, а где просто не в состоянии объяснить суть проблемы».
Тем временем радикально настроенные критики теории Эйнштейна настаивают на том, что попытки моделирования Большого взрыва в БАК не то чтобы несостоятельны: по их мнению, несовершенство выкладок великого ученого увеличивает шансы на то, что при старте эксперимента что-то пойдет не так и контроль над происходящим будет потерян. В частности, общая теория относительности в виде, предложенном Эйнштейном, не допускает возникновения микроскопических черных дыр в коллайдере. Но некоторые специалисты крайне настороженно относятся к этому выводу. Например, английский физик-теоретик Эдриан Кент высказывает опасение, что эксперимент по расщеплению частиц может выйти из-под контроля и протоны из БАК войдут в цепную реакцию с протонами вне установки, что теоретически может уничтожить всю планету. В связи с этим наиболее часто упоминается теоретическая возможность появления в коллайдере микроскопических черных дыр, а также возможность образования сгустков антиматерии и магнитных монополей с последующей цепной реакцией захвата окружающей материи.